PSINK: Automatisierte Informationsextraktion aus wissenschaftlichen Publikationen zur Unterstützung der Translation präklinischer therapeutischer Konzepte zur Heilung von Rückenmarksverletzungen

Abstract

Das BMBF-geförderte Forschungsprojekt PSINK (Automatically Populating a Preclinical Spinal Cord Injury Knowledge Base to Support Clinical Translation) verfolgt das Ziel, ein interaktives Informationssystem zu entwickeln, das die Translation präklinischer therapeutischer Konzepte zur Heilung von Rückenmarksverletzungen in klinische Studien unterstützt. Zu diesem Zweck werden im Projekt große Mengen von Publikationen in Form unstrukturierter Texte mithilfe automatisierter Informationsextraktionsverfahren prozessiert und in eine strukturierte Datenbank überführt. In dieser Datenbank sollen die zentralen Ergebnisse und Parameter der durchgeführten Experimente vollständig erfasst werden; sie bildet damit die Grundlage für eine möglichst objektive Abschätzung der Translationswahrscheinlichkeit therapeutischer Konzepte über Modellorganismen hinweg (bis hin zur Übertragbarkeit auf menschliche Patienten), sowie die effektive Durchführung von Meta-Studien auf der Grundlage des gesamten bisher publizierten Wissensbestands. Der Vortrag gibt einen Überblick über die methodischen Grundlagen und erste Ergebnisse der Projektarbeit: (i) die Entwicklung einer Ontologie zur formalen Repräsentation des relevanten Domänenwissens über Rückenmarksverletzungen, (ii) die manuelle Annotation präklinischer Studien hinsichtlich der zentralen ontologischen Konzepte und Relationen, (iii) ein maschinelles Lernverfahren zur ontologie-basierten Informationsextraktion auf der Grundlage probabilistischer graphischer Modelle.